Die Landschaft der Bommer Weiher gehört «zum Schönsten von dem, was in dieser Art im Kanton Thurgau noch vorhanden ist», stellt der Regierungsrat in einem Protokoll vom 9.9.1980 fest. Im gleichen Dokument spricht sich der RR dafür aus, «diese stille, charaktervolle, fast ausschliesslich von bäuerlicher Kultur geprägte Landschaft zu erhalten».

Seit Juni 2003 ist Pro Natura Thurgau Mitbesitzerin der Bommer Weiher: 1/3 gehört dem Kanton Thurgau, der zudem 1978 naturschützerisch wertvolles Streueland erworben hat, 1/3 ist im Privatbesitz. Und ein Drittel der rund 16.5 Hektaren ging nun dank einem Vermächtnis an Pro Natura Thurgau über (1/3 Miteigentum an der gesamten Fläche).

Wir freuen uns sehr über diese grosse Schenkung. Allerdings bedeutet dieser Mitbesitz auch die Verpflichtung, dieses landschaftliche und naturschützerische Kleinod zu erhalten und aufzuwerten. Tatsächlich sind in naher Zukunft verschiedene Massnahmen notwendig, denn Algenwachstum und ein oft explosionsartiges Wachstum des Hornkrautes zeigen an, dass die Wasserqualität verbessert werden muss.

Das Ziel künftiger Massnahmen ist es, den Düngereintrag ins Gewässer und in die Streuewiesen zu verringern. So hat das Raumplanungsamt begonnen, die gesetzlich vorgeschriebenen Pufferzonen auszuscheiden. Der Nährstoffeintrag durch Drainagen und Bäche liesse sich durch Schönungsteiche massiv verringern; es sind dies dem Weiher vorgelagerte Absetzbecken, in denen Schilf und andere Pflanzen einen grossen Teil der Düngestoffe binden. Solche «Kläranlagen» sind zu planen. Auch Ausdohlungen, das Anlegen von Hecken und Krautsäumen, die Extensivierung und Düngeberatung helfen mit, die Situation zu verbessern.

Aus der Sicht des Naturschutzes lohnen sich weitreichende Sanierungs-massnahmen, denn die Bommer Weiher sind nicht nur landschaftlich wertvoll; auch ihre Fauna ist aussergewöhnlich. 1995 beschreiben F. Leutert und D. Kaden im Schutz- und Pflegekonzept für die Bommer Weiher diese Landschaft als sehr wertvollen Lebensraum für Amphibien, Reptilien und Libellen.

Unter anderem sind hier Laubfrösche, Fadenmolche, 10000 (!) Erdkröten, Ringelnattern, Bitterlinge, seltene Vögel wie Wasserrallen, Rohrammern, Teich- und Sumpfrohrsänger zuhause.